实验条件

型号：曙光 W780
计算节点：54个
计算网络：40Gb Infiniband
 

   实验室搭建配置了“南方一号”GPU集群计算平台，于2011年12月启用，2018年7月停机。该集群的计算能力为每秒136万亿次，比银河Ⅳ超级计算机高出100多倍，其性能在2011年底排名全国高校高性能计算机前三。
       该计算平台包含了多个子平台：基础软件平台，涵盖了实验室购置的MATLAB（矩阵实验室）软件、云计算软件Citrix、PGI Accelerator CDK编译器软件、Intel编译器，以及实验室自主研发的CC$并行编程语言及其配套编程环境；生物信息计算平台，涵盖了MPI-BLAST、BWA、Samtools、Picard、GATK、Bowtie和RSEM等开源软件，以及实验室自主研发的HBLASTP软件；药物计算平台，涵盖了Amber、Gromacs、Auto Dock等软件；气象与环境计算平台，涵盖了MM5、WRF-CHEM等软件；计算物理平台，涵盖了meep、NAMD、CPMD等软件，海洋计算平台，涵盖了开源代码FVCOM和SELFE；计算化学平台：涵盖了Gaussion09、CROSSING软件。这些平台满足了绝大多数用户的科研需求。
       计算平台已经为生命科学、药学、物理科学、海洋与环境科学、地球物理、化学科学、计算科学、数理逻辑等多个学科领域提供高性能计算服务，共支持了80多个用户或课题组，支持了6个973项目、2个863课题，27个国家自然科学基金项目，其中一个973项目的首席科学家和两个项目共五名课题主要骨干人员为平台直接用户，两名863课题负责人为平台的直接用户。

       “南方一号”计算平台获得了良好的用户反馈，支持了大部分用户实现GPU并行计算的快速算法，进行大规模计算、测试及实验。在平台支持下，在生命科学、药学、海洋科学、环境科学、地球物理等领域取得了丰富的成果，支持发表论文53篇，其中37篇为SCI收录论文；有两篇论文成果分别发表在生物领域权威top期刊Genome Research和Nucleic Acids Research上，有一篇发表在物理领域权威top期刊Plasmonics上。集群支持生物科学领域发布了两个自由软件：用于辅助组装高杂合度大型基因组的算法套件HaploMerger和用于涉及基因组复制的祖先基因组重建和重排距离计算的算法软件AliquotG。