【新闻快讯】实验室研发软件HS-BLASTN被Nature发表成果引用

发布时间:2019-04-28

       近日，统计学家和生物群落研究专家、Gladstone研究所高级研究员、加州大学旧金山分校流行病学和生物统计学教授Katherine Pollard及其团队利用实验室成员许跃生教授、张永东博士和博士后陈颖、叶纬材研发的DNA序列比对软件HS-BLASTN^[1]完成了一项人类肠道微生物的研究，研究成果^[2]于2019年4月发表在生命科学领域权威期刊《Nature》上。

       肠道微生物在人类健康与疾病中扮演着非常重要的角色，而通过基因组序列来了解单个微生物所发挥的功能角色是其中最关键的一个环节。由于在实验室条件下培养微生物依然受到巨大挑战，所以迄今为止人类肠道微生物组中有许多物种的基因组序列仍然是未知的。为了解决这个问题，Pollard教授团队利用HS-BLASTN对不同物种的泛基因组基因进行比对，从人类受试者处获得的3810个粪便宏基因组中重建了60664个原核生物基因组，进而从中发现了2058种新的肠道菌。这一发现将已知的人类肠道物种数量扩大到4558种，将已测序的肠道细菌的系统发育多样性提高了50%。同时为今后理解疾病和肠道微生物关系提供了帮助，如改变许多疾病的预测模型等，为精准医疗的发展奠定了基础。

[1] Chen, Y., et al., High speed BLASTN: an accelerated MegaBLAST search tool. Nucleic Acids Res, 2015. 43(16):7762-7768.

[2] Nayfach, S. et al., New insights from uncultivated genomes of the global human gut microbiome. Nature, 2019. 568(7753):505-510.